La Iglesia Adventista del Séptimo Día está organizada en cuatro niveles fundamentales: |1| La iglesia local, que reúne creyentes individuales en una congregación; |2| Asociación o Misión local, que agrupa las iglesias en un determinado estado o provincia; |3| Unión, que reúne las Asociaciones y Misiones; |4| Asociación General, "la mayor unidad de la organización, que comprende todas las Uniones en todas las partes del mundo. Las Divisiones son secciones de la Asociación General, con responsabilidad administrativa a ellas atribuidas en determinadas áreas geográficas" (Manual de la Iglesia, pág. 26). La Unión Ecuatoriana se encuentra en el tercer nivel referido. Su liderazgo es escogido por una Asamblea formada de representantes de las iglesias. Las denominaciones religiosas, de forma general, pueden tener cuatro especies de gobierno eclesiástico: episcopal, papal, independiente y representativa. La forma representativa es la que prevalece entre los adventistas. Escogidos por los representantes de las congregaciones, los líderes son investidos, durante cuatro años, de la responsabilidad de conducir el programa eclesiástico en diferentes departamentos.